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Leur apparition remonte à la fin du IXème siècle et au début du Xème siècle. Ces guerriers (bushi) s'emparent du pouvoir politique à la fin du XIIème siècle et créèrent un système monarchique particulier dirigé par un shogun qui tenait sa légitimité de la reconnaissance impériale.
Ce gouvernement fut mis en place dès 1180 à Kamakura dans l'est du Japon, avant d'être transféré à Kyoto au XIVème siècke, puis à Edo (future Tokyo) au début du XVIIème siècle.
Trois dynasties shogunales (toutes descandant, réellement ou fictivement, du clan Minamoto) se sont succédé entre le XIIème et le XIXème siècle.
On distingue un premier bafuku (gouv. de la tente) à Kamakura (1180-1333), celui de la famille Ashikaga, qui se constitua en 1336 et qui fut installé à Kyoto dans le quartier Muromachi en 1378. Ce deuxième bafuku s'éteignit en 1573 avant qu'un nouveau régime militaire n'émergeat à Edo en 1603. Dans l'intervalle 3 seigneurs hégémons, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, et ensuite Tokugawa Ieyasu travaillèrent à réunifier le pays sous leur domination.
Les samouraï ont pendant un bon millénaire joué un rôle central dans l'histoire du pays par leur rôle politique, leur poids démographique (environ 5% de la polulation au milieu du XIXème siècle).
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